Ege Üniversitesi, 20 Mayıs 1955 tarihinde yayınlanan 6595 sayılı kanunla 9 Mart 1956 tarihinde, eğitim-öğretim hayatına başlamıştır.
Zamanın Milli Egitim Bakanı Prof.Dr. Ahmet Özel, Ege Üniversitesi'nin açılış töreninde yaptığı konuşmada şunları söylemiştir :
"..Bu güzel yurt parçasından bir ilim merkezi doğdu. Bu merkezden ışık saçacak çocuklarımızın, Ülkenin her köşesini, birer fikir meşalesi olarak aydınlığa kavuşturacaklarına inanıyoruz. Yalnız bugünkü kuşağın değil, gelecekteki kuşaklarında ışık kaynağı olacak. Ege Üniversite'nin profesörlerine, bilim adamlarına ve öğrencilerine başarılar; Üniversitenin, Egeliler'e, yurda ve insanlığa hayırlı olmasını tüm kalbimle dilerim."
Ege Üniversitesi'nin ilk fakülteleri, 1955 yılında kurulan Tıp ve Ziraat Fakülteleridir. Aynı öğretim yılı içinde Yüksek Hemşirelik Okulu açılmıştır.
Sonraki yıllarda hızlı bir gelişim gösteren Ege Üniversitesi 1961 yılında Fen Fakültesini, 1968'de Mühendislik Fakültesi ve Dişhekimliği Fakültesini çağdaş bilimin hizmetine sunmuştur. Bu dönem içerisinde İktisadi ve Ticari İlimler Akademisi, İktisadi ve Ticari Bilimler Fakültesi adı altında Ege Üniversitesi'ne bağlanmıştır.
Güzel Sanatlar Fakültesi, Eczacılık Fakültesi ve Sosyal Bilimler Fakültesi 1976 yılında eğitime başlamıştır. 1977 yılında Gıda Fakültesi, Ege Üniversitesi'nin ikinci tıp fakültesi olarak İzmir Tip Fakültesi ve Hukuk Fakültesi kurulmuştur. Bu dönemde İktisadi ve Ticari Bilimler Fakültesi ikiye ayrilarak İşletme ve Iktisat Fakülteleri haline dönüştürülmüştür.
Yaklaşık yirmi yıllık bir zaman diliminde kuruluş sürecini tamamlayan Ege Üniversitesi'nde, değişik tarihlerde birçok yüksekokul ve enstitü açılmıştır. Ege Üniversitesi'nin bazı bölümlerinin genişletilmesiyle Tekstil, Makine, Kimya ve Yer Bilimleri Fakülteleri kurulmuştur.
41 sayılı kanun hükmündeki kararname ile 1982 yılında, o güne kadar bölgenin tek üniversitesi olan Ege Üniversitesi'nin içinden baska bir üniversite, Dokuz Eylül Üniversitesi doğmuş, Ege Üniversitesi'nin kampüs alani dışındaki fakülte ve yüksekokulları bu üniversiteye devredilmiştir.
Ayrıca, Ege Üniversitesi'nin Ege Bölgesi'nin çeşitli il ve ilçelerine yayılan fakülte ve yüksekokulları, bu illerde kurulan Pamukkale Üniversitesi, Celal Bayar Üniversitesi, Aydın Adnan Menderes gibi üniversitelerin ilk fakülte ve yüksekokullarını oluşturmuştur.
Bugün Ege Üniversitesi'ne bağlı 11 Fakülte, 5 Yüksek Okul, 7 Meslek Yüksek Okulu, 1 Devlet Türk Musikisi Konservatuarı, 7 Enstitü, 6 Bölüm ve 26 Arastirma ve Uygulama Merkezi vardir. 2006 - 2007 öğretim yılı itibarıyla 12.286 ön lisans, 26.558 lisans, 1.711 yüksek lisans, tıp ihtisas 465 ve 1.673 doktora öğrencisi olmak üzere toplam 42.693 öğrencisi olan Ege Üniversitesi'nde 3.566 ögretim elemanı ve 3.138 idari personel bulunmaktadır.